Politeknik Kesehatan Kemenkes Cilegon mempunyai empat jurusan yaitu Jurusan Keperawatan, Jurusan Kebidanan, Jurusan Keperawatan Gigi dan Jurusan Ortotik Prostetik. Sebelum bergabung menjadi Politeknik Kesehatan Kemenkes Cilegon (kecuali Jurusan Ortotik Prostetik), jurusan-jurusan  tersebut berdiri sendiri dalam bentuk Akademi  Kesehatan di lingkungan Departemen  Kesehatan. Dengan terbitnya SK Menteri Kesehatan tersebut diatas, akademi-akademi tersebut  bergabung menjadi Politeknik Kesehatan Depkes Cilegon. Sehubungan dengan terbitnya Peraturan Presiden Nomor 47 Tahun 2009 tentang Pembentukan dan Organisasi Kementerian Negara yang merubah Departemen Kesehatan menjadi Kementerian, maka terjadi perubahan nama menjadi Politeknik Kesehatan Kemenkes Cilegon.

Berikut adalah sejarah  singkat masing-masing jurusan yang berada di Politeknik Kesehatan Kemenkes Cilegon :

Jurusan Keperawatan

Sebelum menjadi Jurusan Keperawatan Politeknik Kesehatan Kemenkes Cilegon, Jurusan Keperawatan pada awalnya adalah :

1. Sekolah Guru Keperawatan (SGP) sejak tahun 1972 – 1988;
2. Akademi Keperawatan Depkes Wijayakusuma Jakarta tahun 1988 berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan No 71/Kep/Diknakes/V/1985;
3. Jurusan Keperawatan Politeknik Kesehatan Depkes Cilegon berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan dan Kesejahteraan Sosial Nomor 298/Menkeskessos/SK/IV/2001 tanggal 16 April 2001;
4. Jurusan Keperawatan Poltekkes Kemenkes Cilegon sejak tahun 2011 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 1988/MENKES/PER/IX/2011 tanggal 27 September 2011;
5. Program Studi Keperawatan berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 355/E/0/2012 tentang Alih Bina Penyelenggaraan Program Studi pada Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan dari Kementerian Kesehatan kepada Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan.

Jurusan Kebidanan

Sebelum menjadi Jurusan Kebidanan Politeknik Kesehatan Kemenkes Cilegon, Jurusan Kebidanan pada awalnya adalah :

1. Sekolah Djuru Kesehatan yang didirikan di RS Fatmawati Jakarta berdasarkan SK No : 93/Pend/1963 tanggal 5 September 1963
2. Sekolah Pengatur Kesehatan C berdasarkan SK No : 148/Pend/1964 tanggal 19 Nopember 1964
3. Sekolah Pengatur Rawat A berdasarkan Surat Menteri Kesehatan RI Nomor 71/Pend tanggal 20 Juli 1965 –  sampai tahun 1977
4. Sekolah Perawat Kesehatan (SPK) Fatmawati berdasarkan SK No : 537/UM/Diklat/Kes/1977 tahun 1977 – sampai tahun 1998.
5. Akademi Kebidanan berdasarkan SK Kanwil Depkes DKI No : DL.02.02.324686 tanggal 8 Mei 1998.
6. Jurusan Kebidanan Politeknik Kesehatan Depkes Cilegon berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan dan Kesejahteraan Sosial Nomor 298/Menkeskessos/SK/IV/2001 tanggal 16 April 2001
7. Jurusan Kebidanan Poltekkes Kemenkes Cilegon sejak tahun 2011 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 1988/MENKES/PER/IX/2011 tanggal 27 September 2011.
8. Program Studi Kebidanan berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 355/E/0/2012 tentang Alih Bina Penyelenggaraan Program Studi pada Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan dari Kementerian Kesehatan kepada Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan

Jurusan Keperawatan Gigi

Sebelum menjadi Jurusan Keperawatan Gigi Politeknik Kesehatan Kemenkes Cilegon, Jurusan Keperawatan Gigi pada awalnya adalah :

1. Pendidikan Perawat Gigi  sejak tahun 1951- 1957
2. Sekolah Pengatur Rawat Gigi (SPRG) sejak tahun 1957 – 1991
3. Akademi Keperawatan Gigi berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 095/MENKES/SK/II/1991
4. Jurusan Keperawatan Gigi Politeknik Kesehatan Depkes Cilegon berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan dan Kesejahteraan Sosial Nomor 298/Menkeskessos/SK/IV/2001 tanggal 16 April 2001.
5. Jurusan Keperawatan Gigi Politeknik Kesehatan Kemenkes Cilegon berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 1988/MENKES/PER/IX/2011 tanggal 27 September 2011.
6. Program Studi Keperawatan Gigi berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 355/E/0/2012 tentang Alih Bina Penyelenggaraan Program Studi pada Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan dari Kementerian Kesehatan kepada Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan

Jurusan Ortotik Prostetik

1. Jurusan Ortotik Prostetik merupakan jurusan  yang dibuka pada tanggal 6 Januari 2009 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan RI Nomor HK.03.05/I/II/4/00141/2009. Jurusan ini diselenggarakan berdasarkan kerjasama antara Kementerian Kesehatan RI dengan Cambodia Trust dan Nippon Foundation sebagai penyandang dana.
2. Program Studi Ortotik Prostetik  berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 355/E/0/2012 tentang Alih Bina Penyelenggaraan Program Studi pada Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan dari Kementerian Kesehatan kepada Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan

Perubahan kelembagaan institusi pendidikan dari Akademi Kesehatan menjadi Politeknik Kesehatan dilaksanakan sebagai upaya untuk meningkatkan kualitas institusi pendidikan melalui pendekatan manajemen pendidikan terpadu. Disamping itu juga diharapkan dapat memantapkan kegiatan belajar mengajar baik dari aspek teknis maupun administrasi, memberikan kepastian status bagi dosen maupun peserta didik, meningkatkan efisiensi dan efektifitas dalam hal pendayagunaan tenaga pengajar dan sarana prasarana serta yang paling utama adalah meningkatkan mutu lulusan.